L'institut est organisé en quatre sous-structures administratives qui regroupent une ou plusieurs compétences ainsi que les laboratoires concernés. Les laboratoires de COMATEC travaillant en réseau, l'institut est à même de traiter votre demande globalement dès son étude et tout au long de sa réalisation.
Ces quatres sous-structures sont :
COMATEC-CO
- Conception mécanique
- Conception microtechnique
- Analyse des structures
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COMATEC-MAT
- Science et génie des matériaux
- Essais non destructifs des matériaux
- Procédés d'assemblages
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COMATEC-LEC 
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COMATEC-LI3C
- Conception mécanique
- Conception microtechnique
- Méthode de conception intégrée et structurée
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L'institut COMATEC fait également partie du Biomedical Engineering Group.
Toutes ces compétences sont présentées en détails dans les onglets correspondants.